Le Bureau de l’AEMB est élu par l’Assemblée générale pour deux ans. Il se compose du président, des deux vice-présidents, du secrétaire général, du trésorier et d’un membre par pays non déjà représenté. Parmi les différentes personnes composant le Bureau doit figurer au moins un membre de nationalité belge.
Le Bureau exécute les décisions prises par l’Assemblée générale. Il s’occupe des affaires courantes, examine les demandes d’adhésion, formule des recommandations et propose les exclusions. Il prépare le budget annuel et le soumet à l’Assemblée générale, accompagné de ses observations.

Le président est élu par l’Assemblée générale pour un mandat de deux ans. Le président sortant ne peut pas être réélu deux fois consécutivement. Toutes les résolutions du Bureau sont prises à la majorité simple des membres présents ou représentés.